Em tempos muito antigos a lagoa de Mira foi uma cidade chamada Miragaia.

Aquando da sua submersão e assistindo nela o Glorioso Apóstolo de S. Tomé, Cristo Nosso Senhor falou-lhe dizendo que saísse da dita cidade e se pusesse à vista dela, onde permaneceria até ao fim do mundo fazendo milagres e obrando prodígios.

Há tradição que esta sagrada imagem aparecera então debaixo de um tronco de amieira e de outras árvores silvestres nuns bosques junto aos ribeiros a alguma distância da Lagoa de Mira.

Como naquele local onde aparecera o Santo não se podia construir a Igreja, visto as águas daqueles ribeiros o impedirem, foi erguida noutro local distante do sítio onde aparecera a sagrada imagem. Indo os fiéis e o sacerdote daquele tempo para dizer missa não encontraram o Santo na Igreja. Surpreendidos com o facto puseram-se à procura do Santo, dizendo: “Ó S. Tomé onde estás tu?” - encontraram-no então num campo de favas junto aos ribeiros onde anteriormente aparecera, respondendo: “Estou no meio das favas a encher o ...”

Como esta fuga se repetia constantemente o povo quando o ia procurar dizia: “Ó S. Tomé onde estais vós?” - e antes do santo lhes responder logo continuavam dizendo: “No meio do faval o encontraremos nós”.

Apercebendo-se o povo que o Santo só naquele sítio onde tinha aparecido queria permanecer, fizeram-lhe uma Igreja tal e qual o sítio permitia.